实践中，有的矿业权本身存在一定的瑕疵，如矿业权证载明的矿区面积、生产规模与实际审批的不一致、发证机关不具有颁发该证的权限等。此外，按照国土资源部的规定，矿业权证须同一配号。2009年12月31日国土资源部发布的《关于进一步规范探矿权管理有关问题的通知》规定，国土资源部对全国审批登记颁发的勘查许可证实行统一配号，未按统一配号编号的，颁发的勘查许可证无效。
    对于矿业权的审批发证权限，我国主要是按照矿种、区块面积、储量规模或矿山建设规模进行划分的。州、县国土资源部门的审批发证权限仅限于部分矿种及中小型规模的矿山。超越审批发证权限颁发的矿业权证一般情况下是无效的。
    我们在一起涉外股权转让交易的尽职调查中，就发现了目标公司所持有的采矿权证系越权颁发。该采矿权证载明的生产规模为中型，根据云南省的规定，该采矿权所涉及的矿种，当其储量规模或生产规模在中型以上时，应由省国土资源厅审批发证。然而，该证并非省级国土资源部门颁发，而是由州级国土资源部门颁发。因此，在矿业权交易中，查明矿业权证是否具有上述瑕疵十分重要。

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